一、初次申請漁船船員手冊者，應檢具下列文件，向中央主管機關委辦之直轄市或縣（市）主管機關辦理： 1.申請書一式三份，附最近一年內二吋半身正面脫帽照片四張。 2.國民身分證正本、影本各一份（正本繳驗後發還）。 3.無第二十條第一項不予核發或換發漁船船員手冊情形之切結書一份。 4.經漁會證明屬實之僱傭承諾書一份。但符合第九條第一項規定之無僱傭關係者或服務於漁業訓練、巡護及研究等公務之漁船者，免附。 5.經第十條第一項醫療機構所出具有效之合格漁船船員體格檢查證明書一份。 6.依第十一條第一項第一款規定之基本安全訓練結業證書正本、影本各一份（正本繳驗後發還）。 7.未成年人附法定代理人同意書及印鑑證明各一份。 前項第六款之證書，自核發日起逾五年未申請漁船船員手冊者，應再接受第十一條第一項第一款規定之基本安全訓練，領有結業證書後，始得依前項申請規定核發漁船船員手冊。

二、漁船船員手冊期滿申請換發者，應檢具下列文件，向中央主管機關委辦之直轄市或縣（市）主管機關辦理： 1.申請書一式三份，附最近一年內二吋半身正脫帽照片四張。 2.原領漁船船員手冊正本。 3.無第二十條第一項不予核發或換發漁船船員手冊情形之切結書一份。 4.經第十條第一項醫療機構所出具有效之合格漁船船員體格檢查證明書一份。 5.最近五年內原領漁船船員手冊有效期間出海作業達一年之經歷證明。 6.原領漁船船員手冊船員職務異動登記欄最後一筆紀錄為解僱中無雇主者，應另檢附經漁會證明屬實之僱傭承諾書。但符合第九條第一項規定之無僱傭關係者，免附。 申請人未能提出前項第五款經歷證明者，應再接受第十一條第一項第一款規定之基本安全訓練，領有結業證書後，始得依前項規定申請換發。